La primera fundación de Buenos Aires fue realizada por el adelantado Pedro de Mendoza en el año 1536, quien llegó desde España buscando un metales preciosos y nombró a las tierras "Puerto y Real de Nuestra Señora Santa María de los Buenos Aires". De esta misma expedición partieron los exploradores que fundaron Asunción en 1537, asentamiento que prontamente demostró mejores condiciones.

Después de la revolución de Mayo, a instancias de Mariano Moreno, secretario de la Primera Junta de gobierno, se balizó la boca del Riachuelo y se dispuso la reparación de sus muelles y, posteriormente, su canalización y limpieza. En 1820, sin embargo, una violenta sudestada con secuela de crecientes destruyó parte del puerto, sesenta buques y varios edificios.

Hacia mediados de la década de 1870, dado el desarrollo económico que atravesaba el país en los últimos años, ya era claro que se debía convertir el vetusto puerto porteño en algo más apto para la recepción y el envío de pasajeros y productos. Las exportaciones de carnes y productos agropecuarios incentivaban a los productores a reclamar un puerto en mejores condiciones para facilitar la exportación de bienes y materias primas cuya demanda internacional se encontraba en ascenso.

Los problemas técnicos que en parte había adelantado el ingeniero Huergo, se presentaron en Puerto Madero al poco tiempo de su construcción.
La capacidad del puerto de Buenos Aires se tornaba cada año más insuficiente para atender las demandas del comercio mundial. Frente a esta situación, en septiembre de 1907 el gobierno nacional decidió encarar la ampliación portuaria.

La urbanización del área del viejo Puerto Madero, abandonado durante décadas, tuvo inicio el 15 de noviembre de 1989, cuando el Ministerio de Obras y Servicios Públicos, el Ministerio del Interior y la Municipalidad de la Ciudad de Buenos Aires suscribieron un convenio a través del cual se constituyó una sociedad anónima llamada "Corporación Antiguo Puerto Madero S.A.".